In het Programma A2 werken zes instanties intensief samen:
- Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat
- Rijkswaterstaat
- Provincie Gelderland
- Provincie Noord-Brabant
- Regio Rivierenland
- Gemeente 's-Hertogenbosch
Bestuurders van deze organisaties vormen samen de Stuurgroep, die beslissingen neemt over de voortgang van het Programma. Zij betalen ook gezamenlijk de maatregelen uit het Programma.
Daarnaast zijn vele andere partijen betrokken bij (een van de) projecten die voor de korte, middellange en lange termijn worden uitgevoerd.