Binnen het programma A2 Deil-Vught zijn er een stuurgroep en drie adviesgroepen. In de stuurgroep werken vertegenwoordigers van alle instanties gelijkwaardig samen. De stuurgroep neemt de uiteindelijke besluiten binnen het programma en wordt daarbij geadviseerd door de drie adviesgroepen. Uiteindelijke besluitvorming ligt bij de minister van Infrastructuur en Waterstaat. 

Stuurgroep

De samenstelling van de stuurgroep is als volgt:

• dhr. Roy Geers - wethouder gemeente 's-Hertogenbosch  (voorzitter)
• mevr. Helga Witjens - gedeputeerde provincie Gelderland
• mevr. Suzanne Otters - gedeputeerde provincie Noord-Brabant
• dhr. Jan Hein de Vreede - voorzitter portefeuillehoudersoverleg mobiliteit regio Rivierenland
• mevr. Karin Weustink - directeur netwerkontwikkeling Rijkswaterstaat Zuid Nederland
• dhr. Diederik de Jong - hoofd afdeling programmering rijkswegen ministerie Infrastructuur en Waterstaat 

 Adviesgroepen

• BAG (Bestuurlijke Advies Groep): hierin zitten bestuurders van alle betrokken gemeenten en waterschappen langs het tracé. 

• AAG (Ambtelijke Advies Groep): hierin zitten ambtenaren van alle betrokken gemeenten en waterschappen langs het tracé. 

• MAG (Maatschappelijke Advies Groep): hierin zitten maatschappelijke organisaties en economische belangenbehartigers.

Het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat is op basis van de tracéwet verantwoordelijk voor besluitvorming over wijzigingen aan het hoofdwegennet. Het ministerie levert dan ook de programmamanager voor dit programma. 

Schematisch ziet de organisatie er als volgt uit: